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双色球基本走势图2:miRNA研究技術---MicroRNA高通量測序

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   microRNA(microRNA)是一類大小為21-23nt的非編碼小RNA分子,通過沉默或降解其靶點mRNA分子調控基因表達。大量研究表明,microRNA在正常發育過程以及疾病發生過程中具有重要的作用,在診斷和治療領域具有光明的應用前景。然而目前研究microRNA的方法主要是通過實時定量PCR以及基因芯片技術,這些方法主要關注microRNA的表達與定量,并僅局限于研究那些序列信息或二級莖環結構信息已知的microRNA,無法尋找和發現新的microRNA分子。

   基于Illumina高通量測序平臺的microRNA測序技術突破了目前研究技術手段上的局限性,使研究人員能夠直接對樣本中指定大小的所有microRNA分子進行高通量測序,在無需任何序列信息的前提下研究microRNA的表達譜并在此基礎上發現和鑒定新的microRNA分子,并提供了更加靈活和深入的研究分析方法,這是傳統的研究方法所無法比擬的。


  技術路線


  數據分析

(1) 基本數據分析

  數據產出統計:對測序結果進行圖像識別(Base calling),去除污染及接頭序列;統計結果包括:測定的序列(Reads)長度、Reads數量、數據產量。

(2) 高級數據分析

 a) microRNA長度分布統計以驗證實驗可靠性;

 b) microRNA堿基使用偏好性鑒定以檢驗數據質量;

 c) 將測序得到的序列與miRBase14.0,已知rRNA、tRNA、重復區、RefSeq數據庫比對,對已知microRNA進行注釋;

 d) 將測序得到的序列與該物種全基因組序列進行比對分析,通過折疊模型預測新的microRNA;

 e) 不同組織microRNA表達譜分析;

 f) 組間microRNA差異表達分析;

 g) microRNA表達模式聚類分析;

 h) microRNA作用靶基因預測

 技術特點

(1) 高通量   SOLiDTM系統每次運行產生400M以上的可定位數據;

(2) 高靈敏度    可以檢測單個細胞中一個拷貝的microRNA;

(3) 高精度    可以檢測microRNA單個堿基的差異;

(4) 不受先驗信息的干擾   既能鑒定已知microRNA,又有能力發現新的microRNA;

 樣品要求 

(1)樣品純度要求: OD值應在1.8至2.2之間;電泳檢測28S:18S至少大于1.5。

(2)樣品濃度: total RNA濃度不低于750ng/ul;樣品總量不低于40ug(Small RNA: total RNA大于0.3%)?;蛺峁┡ǘ卻笥?ng/ul,總量大于180ng的Small RNA樣品。

(3)請提供Small RNA樣品具體濃度、體積、制備時間、溶劑名稱及物種來源。請同時附上QC數據,包括電泳膠圖、分光光度或Nanodrop儀器檢測數據。如需進行多次樣品制備,需要提供多次樣品制備所需樣品。
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